מושב גני יוחנן, שפלה

מערכת חינוך לגיל הרך פועלת במושב גני יוחנן וכוללת מעון יום וגן ילדים לגילאי 3-5.
בית ספר יסודי של המועצה האזורית, בית הספר "גוונים" בבית חשמונאי לתלמידי א'-ח'.
בתי ספר תיכון אזוריים של המועצה האזורית: "הרצוג" או "שדות איילון".
אוניברסיטאות ומכללות בקרבה לישוב: אוניברסיטה העברית בירושלים, מכללת אחווה, מכללת לוד, מכללת אפקה ועוד.